本品僅短期(一般不超過 7～10 天)用于不宜口服藥物的患者。一旦病人可以口服藥物，則不可繼續使用注射用泮托拉唑鈉。
(1)十二指腸潰瘍、胃潰瘍、急性胃黏膜病變、復合性胃潰瘍等引起的急性上消化道出血：靜脈滴注。一次 40 mg～80 mg，每日 1～2 次。臨用前將 10 ml 0.9％ 氯化鈉注射液注入凍干粉小瓶內，將溶解后的藥液加入 0.9％ 氯化鈉注射液 100～250 ml 中稀釋后靜脈滴注，15～60 分鐘內滴完。
(2)十二指腸潰瘍、胃潰瘍及中、重度反流性食管炎：一次 40 mg，每日 1 次。靜脈滴注。臨用前將 10 ml 0.9％ 氯化鈉注射液注入凍干粉小瓶內，此液可直接輸注，時間須超過 2 分鐘；也可將溶解后的藥液加入 100 ml 0.9％ 氯化鈉注射液或 5％ 葡萄糖注射液中稀釋后靜脈滴注，靜脈滴注時間不應少于 15 分鐘。
本品溶解和稀釋后必須在 4 小時內用完，禁止用其它溶劑或其它藥物溶解和稀釋，配制液的PH值應不小于9。

注射用泮托拉唑鈉的常見不良反應為：頭痛、腹瀉、惡心、腹痛、腹脹、嘔吐、頭暈、關節痛。
其他不良反應為：
全身：過敏反應(包括過敏性休克)、發熱、光敏性反應、面部水腫、外周性水腫、血栓性靜脈炎(只限靜脈注射)。
胃腸道：便秘、口干、肝炎。
血液系統：白細胞減少、血小板減少。
代謝/營養：肌酸激酶升高(CPK)、全身水腫、甘油三酯升高，氨基轉移酶升高。
肌肉骨骼系統：肌肉酸痛。
中樞神經系統：抑郁癥、眩暈。
皮膚及附屬器官：蕁麻疹、皮疹、瘙癢。
特殊感覺：視物模糊。
同品種上市后經驗：
在泮托拉唑鈉批準使用后，已證實存在以下不良反應，此類反應是未知數量的人群自愿上報，因而不能可靠地評估其發生頻率，也不能建立與藥物暴露的因果關系。此類不良反應在以下按身體系統列出：
全身疾患及用藥部位的情況：乏力、疲勞、倦怠、體重變化。
免疫系統疾病：過敏性反應(包括過敏性休克)。
皮膚和皮下組織疾病：嚴重的皮膚反應(有些是致命的)，包括多形性紅斑、惡性大皰性多形紅斑(Stevens-Johnson)綜合征和中毒性表皮壞死松解癥(TEN)、血管神經性水腫。
肌肉勞損：橫紋肌溶解癥、骨折。
腎臟和泌尿系統疾病：腎功能改變、間質性腎炎。
肝膽疾病：肝細胞損害而導致的黃疸和肝功能衰竭。
精神障礙：幻覺、精神錯亂、失眠、嗜睡。
代謝及營養失調：低鈉血癥、低鎂血癥。

1.抗逆轉錄病毒治療的干擾
不建議將質子泵抑制劑和阿扎那韋或奈非那韋聯合使用，若將阿扎那韋或奈非那韋與質子泵抑制劑合用，將大幅降低阿扎那韋或奈非那韋的血藥濃度而可能降低療效以及產生耐藥性。
2.香豆素抗凝劑
上市后有報告表明，使用質子泵抑制劑，包括泮托拉唑和同時使用華法林的患者，其凝血酶原時間、國際標準化比值［international normalized ratio(INR)］增加。凝血酶原時間、INR 的增加可能會導致異常出血，甚至死亡。使用質子泵抑制劑并伴隨華法林治療的患者應監測凝血酶原時間、INR 是否增加。
3.氯吡格雷
在健康受試者中，泮托拉唑和氯吡格雷同時使用，對氯吡格雷的活性代謝產物或氯吡格雷誘導的血小板抑制無明顯臨床影響，當使用允許劑量的泮托拉唑時，也不必調整氯吡格雷劑量。
4.改變胃 pH 值的藥物可影響生物利用度
泮托拉唑將長期抑制胃酸分泌，因此泮托拉唑可能會干擾受胃液的 pH 影響的藥物的吸收而影響生物利用度(如酮康唑，氨芐西林酯，鐵鹽，地高辛)。
5.尿檢四氫大麻酚假陽性
已有報告表明，接受質子泵抑制劑包括泮托拉唑在內治療的患者尿檢四氫大麻酚呈假陽性，應考慮使用一個替代性檢驗方法來驗證真正的陽性。

毒理研究:
遺傳毒性
泮托拉唑的人淋巴細胞染色體畸變試驗、中國倉鼠卵巢細胞/HGPRT 正向突變試驗及二次小鼠微核試驗中的一次結果均為陽性，而大鼠肝臟 DNA 共價結合試驗結果難以判斷。Ames 試驗、大鼠肝細胞程序外 DNA 合成試驗(UDS)、AS52/GPT 哺乳動物細胞正向基因突變試驗、小鼠淋巴瘤 L5178Y 細胞胸腺嘧啶激酶突變試驗及體內大鼠骨髓細胞染色體畸變試驗結果均為陰性。
生殖毒性
雄性大鼠經口給予泮托拉唑 500 mg/Kg/d(按體表面積折算，為臨床推薦口服劑量的 98 倍)，雌性大鼠經口給予泮托拉唑 450 mg/Kg/d(按體表面積折算，為臨床推薦口服劑量的 88 倍)時，生育力及生殖行為未見明顯異常。
大鼠靜脈給予泮托拉唑 20 mg/Kg/d(按體表面積折算，為臨床推薦口服劑量的 4 倍)，家兔靜脈給予泮托拉唑 15 mg/Kg/d(按體表面積折算，為臨床推薦口服劑量的 6 倍)，對生育力和胎仔均未見明顯損害。泮托拉唑及其代謝產物可從家兔乳汁中分泌。
致癌性
SD 大鼠連續 24 個月經口給予泮托拉唑 0.5～200 mg/Kg/d，胃底出現劑量依賴性的腸嗜鉻樣細胞增生及良性和惡性的神經內分泌細胞瘤。當劑量為 50 和 200 mg/Kg/d(按體表面積折算，為臨床推薦口服劑量的 10 和 40 倍)時，前胃出現良性鱗狀細胞乳頭狀瘤和惡性鱗狀細胞癌。泮托拉唑還導致極少數大鼠出現胃腸道腫瘤，包括 50 mg/Kg/d 劑量時偶爾出現十二指腸腺癌，以及 200 mg/Kg/d 劑量時胃底出現良性息肉和腺癌。泮托拉唑給藥劑量 0.5～200 mg/Kg/d 時，大鼠劑量依賴性地出現肝細胞腺癌和肝癌，200 mg/Kg/d 劑量還可使大鼠甲狀腺囊泡細胞瘤和囊泡細胞癌的發生率增加。SD 大鼠 6 個月和 12 個月的毒性研究中也偶見肝細胞腺瘤和肝癌。
Fischer344 大鼠連續 24 個月經口給予泮托拉唑 5～50 mg/Kg/d(按體表面積折算，為臨床推薦口服劑量的 1～10 倍)，胃底劑量依賴性出現腸嗜鉻樣細胞增生及良性和惡性的神經內分泌細胞瘤。但該試驗的劑量選擇不足以支持對泮托拉唑潛在致癌性的充分評價。
B6C3F1 小鼠連續 24 個月經口服給予泮托拉唑 5～150 mg/Kg/d(按體表面積折算，為臨床推薦口服劑量的 0.5～15 倍)，同樣出現胃底腸嗜鉻樣細胞增生；雌鼠在 150 mg/Kg/d 劑量時，肝細胞腺瘤和肝癌的發生率升高。
上述嚙齒類動物的致癌性研究結果提示本品具有一定的致癌性，但此結果與臨床的相關性尚不清楚。